ポケットモンスター ブラック・ホワイト＆ブラック2・ホワイト2

BWは主人公がポケモンとイッシュ地方で旅を始め、
道中ポケモンを人の手から解放しようと演説する団体、プラズマ団に出会う。
プラズマ団のリーダー格であるゲーチスは
ポケモンをモンスターボールで勝手に捕まえて戦わせるのは良くないと主張する。
さらに主人公の前にポケモンの言葉が分かる青年N（エヌ）が現れ、
彼もゲーチスと同じくポケモンから人間を切り離すよう諭す。
だがプラズマ団もロケット団たちと同じく目的のためなら
どんな悪事も働くようなカルト集団であり、何度も主人公と対立する。

旅を進めていくとNがプラズマ団のボスであり、
伝説のポケモンであるゼクロムorレシラムを手に入れポケモンの解放を考えていることが分かる。
Nから見て主人公はポケモンに愛されている不思議な存在であり、Nの興味を引いた。
ゼクロムorレシラムを手に入れたNはプラズマ団の城を出現させ、
ポケモンリーグを乗っ取りチャンピオンのアデクをも下す。
イッシュ地方で頂点に上り詰めたNは人々にポケモンの解放を訴えようとするが、
主人公がレシラムorゼクロム（Nの捕まえてない方）を手に入れNとの最後の戦いに挑む。
Nが負けた途端ゲーチスは怒りに狂い、真相を語り出した。

ポケモンの解放を掲げるプラズマ団はゲーチスの手駒にすぎず、
Nは子供の頃から人間社会から隔離され虐待を受けたポケモンと一緒に生活された。
ポケモンの言葉が分かるNはその影響で人間はポケモンにとって悪い存在だと植えつけられてしまう。
そして社会から隔離され他の思想を受けなかったためどこまでも純粋であった。
その純粋さは伝説のポケモンに認められる条件になったのだ。
Nを使って人々からポケモンを手放させ、ゲーチスだけがポケモンの力を享受してイッシュを征服する。
それゲーチスの野望であった。
だが主人公に考えを揺さぶられた挙句敗北したNを「自分の息子でありながら人の心が分らない化け物」と罵る。
ゲーチスは主人公と対戦し、負けてしまうが捕まることなく姿を晦まし、
自分の考えが絶対ではないと知ったNは世界を知るため一人旅立つ。
その後ゲーム中ゲーチスとNには二度と会えない。

プラズマ団の雇われリーダーを倒すと再びゲーチスが現れ、伝説のポケモンキュレムでイッシュを支配しようとする。
そこへ旅をして成長したNが現れゲーチスを説得するが、ゲーチスは一切構うことなく主人公たちを襲う。
ポケモンバトルでゲーチスを倒すと完全に心が壊れ、狂ってしまう。残った幹部たちがゲーチスを連れて姿を晦ます。
プラズマ団は完全に瓦解しイッシュ地方は平和になった。

ただゲームクリア後もレパルダスは幼馴染と妹に決して心を開かない。
歴代悪の組織はボスが主人公に負けたり伝説のポケモンを制御できず
最後は改心するんだけどゲーチスはそういう救いが一切なく、逆に廃人になってしまう。
BWシリーズはそういう救いがなくて手放しでハッピーエンドとは言い難いと思う。