R-TYPE TACTICS・R-TYPE TACTICS II -Operation BITTER CHOCOLATE-

割と有名な横シューシリーズを元にしたSF戦略シミュレーション
人類が、機械も生物をも取り込んで操ってしまう「バイド」という生物兵器と戦う話
単騎で殴り込みをかけるSTGのシリーズとは違い、主人公が艦隊を編成、指揮していく

主人公はまだ指揮官になったばかりの新人提督
序盤のステージでは地球付近での演習戦闘や火星の威力調査(？)などを行う

あるステージで突然、
「バイドの中枢へ向かいそれを殲滅せよ」との命令を受け狼狽える主人公とクルー
しかし逆らうわけにもいかず、それだけ状況が逼迫しているんだな、
と捨て駒だとわかっていながらバイド中枢へ向かう主人公

ちなみにこのゲームは会話などはなく、
ステージ開始前とクリア後の主人公の航海日誌のみがストーリーを綴って行く

太陽系からワープ空間、バイド星系と気の遠くなるような旅を続け
とうとう中枢部(最終面)へと辿り着く一行
とうとうラスボス「漆黒の瞳孔」を倒す主人公たちだが、
撃破直前になにか恨めしいような「何か」をその瞳孔から感じていた
すると主人公の乗っている艦隊が突如揺れだし、EDムービーへ
撃破したはずの「漆黒の瞳孔」へとどんどん味方艦隊が吸い込まれていき、
主人公の乗っている旗艦も巻き込まれてしまい、
ゲル状の何かに包まれていく艦隊を映しながらスタッフロール

ふっと目を覚ます主人公
何とか小規模ながら艦隊を立て直す

するとなぜか地球軍の宇宙戦闘機が主人公の艦隊に対して攻撃をしかけてくる
それもそのはず、主人公達はバイドに取り込まれ、自らもバイドになってしまっていたのだ
しかし主人公は全くそのことに気づかず、
「攻撃してくるのならば迎え撃つしかない」と地球軍を殲滅しつつ、
「バイドを倒したのだから地球へ帰ろう」と来た道を戻って行く
ちなみに航海日誌も「記憶の残滓」へと変わっている

ワープ空間を抜け、太陽系に帰還した際も
「艦隊を展開し地球軍の祝福を待ったが全然音沙汰がない」と、
自分たちがバイドであることにいまだ気づいていない
激しい地球軍の猛攻をかいくぐり、とうとう地球へ降りる主人公一行(最終面)
ここでも地球軍の猛攻を受け、なんとか退ける
しかしここまで来てとうとう自分たちが歓迎されていないことに気づく主人公
(ここでEDムービー&スタッフロールが流れ始める)

踵を返し宇宙へと帰ろうとするが、大量の残存艦隊の猛攻を受け
どんどん打ち落とされて行く友軍機(バイド)
主人公の旗艦も傷付きつつ、一機淋しく地球外へと帰って行く…

ちなみに続編ではデータを引き継いでいると
初代のプレーヤー名を艦長に据えたバイド戦艦が
地球へとやって来る(引きついでいなくても戦艦自体は来る)

バイド退治の命令を下された艦長（主人公）はバイドを追撃し宇宙の果てまで進軍するが、
初代と同じくバイドに取り込まれてバイド化、白濁しているが意識が覚醒した後、
地球への帰還を目指す

しかし艦長たちが覚醒するまでにかなりの時間が経過していたらしく、
文明が発展した地球の軍らしい戦力と応戦
（初代と同じように、自分たちがバイド化している事に気付いていない）
艦長たちは相手が地球の軍だと気付かず、
「超攻撃的な文明がいる」と認識、これを地球に急いで伝えようと進む
いざ地球へ到着するものの、艦長たちはこの星が地球だと認識できなかった
（バイド化すると、認識能力や記憶力が低下する）
攻撃してくる相手に、自分たちは侵略する意思はないと伝える為に
その星（地球）から撤退する

最後は太陽の内部に、自分たちを待つ存在をなんとなく感じったので太陽内部に突撃
そこにいた謎の文明（こればかりは詳細は不明）を倒しても、太陽光以外何も存在しなかった
バイド化してもなお生き続ける艦長たちの悪夢は終わらない・・・というEND

因みに初代も続編でもバイド化した後、
部隊名がバイド化した主人公たちの心情が書かれたアナグラムになっている