イリヤの空、UFOの夏／最終話

イリヤは侵略してくる宇宙人に対抗できる唯一のチームの生き残り(=最後の切り札)
一般人は侵略をうけていることをまったく知らない
仲間が死んでしまってモチベーションがあがらなくなってきたので気分転換かねて学校に通わせる
そこで主人公と仲良くなって、楽しい時間を過ごす

最後らへんで『地球を守るための最大の作戦』の話が出てきて、ソレはイリヤが全力でやるのが前提。
勝ってもイリヤの無事は保障されないどころかどう考えても死ぬ可能性のほうが圧倒的
この作品中の出来事はすべてコレを成就すために仕組まれていたことが研究員(？)からあかされる
テンションあがらないまま挑んでもイリヤが死んで地球が侵略される。自棄になって突っ込んでも同じ事
それを『主人公のために戦う！』という設定を付けることで
本来の実力以上で戦えるようにするためにある程度自由を与えてきた
そして主人公は知らぬ間にその計画を大成功させてしまう(=イリヤを死地に送り出させる)

仲良くなったがために彼女は自分を守るために死にに行ってしまった
しかもソレは偶然ではなく他人の計画どおりでした。というお話

アニメでしか見てないから文庫でどうか知らないけど、
ラストは出撃するだけして帰ってこなかったのが色々後味悪い